1、发酵过程导致微生物含量增加

普洱茶是经过微生物发酵、氧化加工而成的，而绿茶则是经过简单加工而未经发酵。这就使得普洱茶的微生物含量比绿茶高很多。发酵过程中的微生物数量不易控制，在制作过程中，如果不加强卫生防护，就可能使微生物污染茶叶。

此外，普洱茶长期储藏时间长，茶叶内部会慢慢腐烂发酵，导致微生物和霉菌繁殖，这也增加了茶叶中微生物的含量。

2、采摘、加工过程管理不规范

采摘、加工过程是影响茶叶品质的重要环节之一。普洱茶生产过程中存在采摘、筛选茶叶时选杂不严、加工过程采取传统手工制法等问题。这些不规范的生产过程容易引入外来微生物，加重了茶叶中微生物的含量。

3、储存条件不佳

普洱茶以压制成饼或沱的形式存放，存储过程中可能与空气、水分、异味、霉菌和虫害等接触，使茶叶受到污染和退化。一些出口国家的茶叶标准规定储存温度不得超过35摄氏度，储存湿度不得超过75%，而在国内，普洱茶的储存条件大多数没有得到严格控制，导致茶叶中的细菌繁殖。

4、绿茶进入市场前一般会被消毒处理

为了保证产品质量和安全，绿茶进入市场之前一般要经过高温消毒处理，以达到消除细菌、杀死病毒的目的。而普洱茶稀有的消毒处理可能会使得茶叶中的一些细菌和微生物未得到有效控制，从而导致普洱茶的微生物含量相对较高。